La chiesa di Sant’Antonio Taumaturgo è stata costruita nel cosiddetto “Borgo Teresiano” di Trieste per far fronte in modo adeguato alle esigenze religiose della popolazione cresciuta assieme al grande sviluppo della “Città Nuova” nell’ultima parte del 1700 e durante il 1800.Precedentemente sullo stesso posto era stata eretta nel 1767 e aperta al culto nel 1771, una chiesa parimenti dedicata a Sant’Antonio Taumaturgo, che, dopo un restauro nel 1784, fu demolita nel 1828 perché rivelatasi insufficiente alle necessità.
La costruzione del nuovo edificio sacro, popolarmente denominato “Sant’Antonio Nuovo”, ebbe inizio nello stesso 1828. Progettato dall’architetto Pietro Nobile è insigne monumento di architettura neoclassica. È stato consacrato il 14 ottobre del 1849 dal vescovo Bartolomeo Legat. Un nuovo altare maggiore ad populum versus è stato consacrato dal vescovo Lorenzo Bellomi il 13 giugno del 1988.
Nel 1774, soppressa la parrocchia di S. Giusto, unica parrocchia per l’intera Trieste, furono istituite per la parte vecchia della città la parrocchia di S. Maria Maggiore e, per la vastissima zona residenziale realizzata nella parte nuova della città, la parrocchia di Sant’Antonio Taumaturgo. I Libri parrocchiali datano dal 1774.